过敏菌商城我们的身体携带有大量的微生物，包括细菌、真菌和病毒，它们的数量大约是我们身体自身细胞数量的1.3倍，它们所编码的基因数量甚至比人体自身的基因多150倍。这些微生物及其所编码的基因是我们身体的重要部分，没有它们我们就不会感觉如此的好，事实上，没有它们我们可能都无法生存。
直到最近，我们一直在像对待敌人一样对待与我们互惠共生的大量细菌，却没有意识到这样做会伤害我们自己的身体。
我们的身体就像我们生活的地球一样是一个多样化的生态系统，每个身体部位都拥有一个特定的生态群落。对任何一个生态群落的扰动，被称为生态失调，都可能会使我们感到不适；然而，我们才刚刚开始发现这是多么具有破坏性。
抗生素的作用就像原子弹
在过去的70年里，抗生素拯救了数百万人的生命。今天，在诸如败血症或严重的肺部感染等危及生命的情况下，使用抗生素是十分必须的。但是，我们应该意识到，抗生素使用的代价也是十分巨大的，因此抗生素不应该被视为一种日常用药。
抗生素是我们微生物群落的最大威胁。它们不是精准的武器，它们会杀死坏细菌，也会杀死好细菌，是没有选择性的；它们的功能更像是一颗可以摧毁整个生态系统的原子弹。自从抗生素被广泛使用以来的几十年里，它们确实留下了一条明显的毁灭之路。I型糖尿病和哮喘患者的增加似乎也与过度使用抗生素有关。
菌群失调影响全身
由于抗生素的使用使有益细菌减少，我们更容易受到致病菌的攻击。当致病菌进入一个被摧毁的生态系统，就会在那里定殖，从而让我们生病。然而，健康人的菌群最终会在一年内恢复，但是免疫缺陷的人很难恢复他们的健康菌群，这可能导致了需要使用更多的抗生素，进入一个恶性循环……
除了对病原体的易感性，还有各种各样疾病与我们的菌群失衡、有益细菌的减少有关。
消化系统
我们体内菌群失衡的一个非常著名的例子就是抗生素相关的腹泻。首先，肠道生态系统被非特异性的抗生素破坏，因此肠道失去了许多健康消化所需的细菌以及对抗致病细菌的必要武器。肠壁上暴露的区域现在成为了致病细菌滋生的理想场所，其中最丰富和最危险的一种致病菌叫做艰难梭菌。艰难梭菌通过释放强有力的毒素损伤肠道黏膜，引发结肠炎症。
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肥胖
肠道微生物的组成会影响我们的食欲和脂肪存储的能力。
在我们的胃里定殖着一种细菌，叫做幽门螺旋杆菌，它会告诉我们“饿了”或“饱了”。除了调节胃酸外，幽门螺旋杆菌还会导致胃饥饿素的减少，参与食欲的调节。如果胃里没有这种细菌会导致胃饥饿素分泌增加，导致更大的食欲。不幸的是，在过去的几十年里，幽门螺旋杆菌的名声不太好，它可能导致易感人群的胃溃疡甚至胃癌；因此，大多数选择使用抗生素将其从我们的胃中根除。例如，在美国，两到三代之前80%的人都携带有幽门螺旋杆菌，现在只有不到6%的美国儿童有这种菌，这可能是导致美国儿童肥胖增加的一个原因。与此同时，以前非常罕见的食道癌增加了10倍。
肠道微生物的组成也决定了我们可以从食物中摄入的卡路里的数量。在过去食物稀缺的时候，拥有能够从食物中储存更多脂肪的肠道菌群的人生存的机会更大；现在食物充足，随时可得，这些微生物则会导致肥胖。两个人吃同样数量的食物，要么变得肥胖，要么保持苗条，这取决于他们肠道中的微生物。
另一方面，我们所吃的食物种类也会影响肠道菌群。那些消耗更多的植物来源的碳水化合物的人的肠道中拥有更多能够分解植物来源碳水化合物的细菌。此外，大量摄入高脂肪的产品会降低肠道菌群的多样性，并诱导肠道中促进脂肪快速存储的细菌的生长。
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消化道肿瘤
肠道菌群也可能与消化道肿瘤的发生有关。不是我们的微生物群导致了癌症，而是我们所吃的食物导致了肠道中出现了错误细菌的定殖。尤其是西式饮食（大量的肉类和脂肪以及少量的蔬菜的摄入）会促进产生特定酶和胆汁酸的细菌的产生。这些特殊的酶可以把无害的化合物转变成致癌物，比如杂环胺（烤肉中常见）。当将它们转化成亲电子衍生物后，它们会损害DNA，从而导致癌症。
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炎症性肠病
炎症性肠病是一种表明细菌物种相互依赖程度的疾病。炎症性肠病是一种慢性的、反复发作的胃肠道炎症，导致粘膜损伤。正常情况下，健康人的胃肠道主要由厚壁菌门和拟杆菌门的细菌组成。在炎症性肠病患者中，这些细菌不再占据优势地位。厚壁菌门细菌数量的减少会导致梭状芽胞杆菌的丰度降低，而梭状芽孢杆菌正常情况下会通过释放丁酸来降低促炎细胞因子的水平。此外，脆弱拟杆菌也在炎症性肠病患者中也明显减少，而脆弱拟杆菌可以增强调节性T细胞，从而阻止促炎的T细胞过度激活。总而言之，那些通常参与调控免疫系统的细菌减少甚至消失了，使得免疫系统处于过度活跃状态，从而对自身的细胞产生反应。
皮肤
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特应性皮炎
特应性皮炎又称为神经性皮炎，主要影响儿童，是一种非常令人不快的慢性皮肤感染，严重的菌情失调在其发生中发挥重要作用。问题是，最先出现的是什么：皮肤的炎症还是金黄色葡萄球菌的感染？在特应性皮炎患者中，受影响的和没受影响的皮肤上均表现出金黄色葡萄球菌的大量富集（90%），这可能在一定程度上说明，首先出现的是金黄色葡萄球菌的感染。在健康人群中，金黄色葡萄球菌很少出现在皮肤上。在特应性皮炎患者中占主导地位的金黄色葡萄球菌几乎垄断了所有其它友好的共生菌的空间和营养，本来这些好细菌可以抑制金黄色葡萄球菌的生长。有趣的是，在特应性皮炎患者中发现的表皮葡萄球菌也比在健康人中发现的更多，这表明表皮葡萄球菌可能在招募细菌以对抗金黄色葡萄球菌的感染，但这仍然只是一个假设。
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痤疮
我们很多人都知道痤疮这种皮肤病是从青春期开始的，85%的青少年都受到痤疮的影响。在我们十几岁的时候折磨我们、让我们备受痤疮困扰的这种细菌是痤疮丙酸杆菌，它曾经也与我们和平共处、和谐共生。随着青春期的开始，由于激素水平的变化，皮肤的化学组成，主要是面部发生了改变。这些变化会导致免疫系统和痤疮丙酸杆菌之间的斗争，造成皮脂腺感染，从而导致痤疮。
免疫系统
微生物在我们体内有一个非常重要的任务：训练我们的免疫系统。许多自身免疫性疾病是适应性免疫系统功能紊乱的结果。随着I型糖尿病、类风湿性关节炎或哮喘等自身免疫性疾病的发病率逐年增加，一些人推测身体环境的变化可能是罪魁祸首。饮食不平衡、抗生素的广泛使用等环境因素以及诸如剖腹产、无所不在的消毒剂和较少的兄弟姐妹等其它社会因素都减少了我们身体内微生物群落的多样性，因此，我们的免疫系统训练者失去控制。我们的免疫系统并不知道如何从坏细胞中区分好细胞，开始攻击自己的身体，通过自身免疫性疾病或过敏等表现出来。
神经系统
你会跟着直觉走吗？事实上，“跟着直觉走”所蕴含的真理比你想象的要多得多。通过肠脑轴，我们的肠道影响着我们的感觉，我们的大脑也控制着我们的肠道。肠道与大脑之间的这种沟通交流很大一部分涉及到我们的微生物群落。肠道和大脑之间最重要的连接是迷走神经。它控制唾液分泌、心跳和消化。反之亦然，肠道也会告诉大脑“我饱了”或“我感觉很好”，或者平静的心跳信号表明我们放松了……迷走神经所接收到的信息来自于肠道微生物的代谢物和肠道免疫与内分泌细胞的信号物质。来自肠道免疫与内分泌细胞的信号物质也依赖于我们的肠道微生物。另一条通往大脑的途径是通过血液，成千上万的细菌代谢物通过血液进入我们的身体。
实验小鼠的研究已经证明了肠道微生物和大脑之间的联系。研究人员将敢于冒险的小鼠的肠道细菌移植到胆小焦虑的小鼠身上，可以使胆小焦虑的小鼠变得敢于冒险；相反，将胆小焦虑的小鼠的肠道细菌移植到活跃的敢于冒险的小鼠身上，原本活跃的小鼠会变成不那么活跃的“胆小鬼”。目前，人体试验也就按部就班的进行。补充酸奶和益生菌对人的情绪具有积极的影响。可以想象，在未来，精神科医生或许可以首先尝试通过健康的饮食或特定的微生物以帮助患有精神疾病的患者补充缺失或减少的微生物，或者通过特定抗生素清除有害细菌，来达到治疗精神疾病的目的。
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