过敏菌商城肠道微生物与人体健康密切相关，有研究证实全身 70%~80%的免疫细胞分布在肠道相关淋巴组织（Gut Associated Lymphoid Tissue）中，如新生儿出生时胃肠道是无菌的，免疫系统几乎没有发育，但很快就有种类繁多的细菌开始定植。正常的菌群结构在人体消化、免疫和抗病等方面有着不可取代的作用。在婴儿出生时，外界细菌的定植对宿主免疫系统的建立和胃肠代谢疾病的预防起着至关重要的作用。Palmer等证实相对于成年人，婴儿个体之间的肠道菌群差异性及其随时间变化产生的波动更加显著，因此肠道菌群在维持婴儿肠道代谢平衡等方面所扮演的角色更为重要。
研究表明在患病初期，患有哮喘疾病的婴儿和健康婴儿的肠道菌群的构成是有差异的，而出生后的第 6 个月是临界点。2011年比利时科学家 Vael应用 DGGE 技术研究了婴儿肠道菌群与哮喘病的关系。
在他的研究中，按哮喘预测指数将110 名婴儿分为两组：
第 1 组：哮喘病（1 岁）试验组 ；
第 2 组 ：患 湿 疹 （3 岁 ）或者家族哮喘遗传病史。
将健康婴儿设为试验对照组。采集所有婴儿第3 周的粪便样品进行 DGGE 分析。
该研究结果表明，在患有哮喘病的婴儿肠道菌群的 DGGE 胶图中发现 1 条与哮喘病相关的特异性条带，将条带进行回收测序，鉴定为球状梭菌。同时研究发现脆弱拟杆菌也与哮喘病密切相关。由此得出结论，从第 3 周的粪便样品中分离出的球状梭菌和脆弱拟杆菌是引起哮喘病的早期指示菌种。该研究结果为婴儿早期哮喘疾病的预测与诊断带来全新视野。
过敏性湿疹是婴儿常见疾病，对于这类疾病的研究比较广泛，研究手段也逐年升级。 2013 年，芬兰学者 Nylund 等应用基因芯片技术对患有过敏性湿疹婴儿的肠道菌群的构成和多样性进行了分析。
研究人员采集了 34 名婴儿（15 名湿疹病患儿和 19 名健康婴儿）6 个月和 18 个月的粪便样品。通过芯片图谱的辛普森多样性指数可知，患有过敏性湿疹婴儿肠道菌群的多样性比健康婴儿更为复杂。在 6 个月时，两组婴儿肠道菌群没有显著差异。到第 18 个月时，两组婴儿肠道菌群差异显著。 健康婴儿肠道中拟杆菌的数量是湿疹病婴的 3 倍， 而患病婴儿肠道中第 6 族梭菌属的数量显著增加并接近成年人含量。
营养不良是影响发展中国家学龄前儿童健康的一种常见疾病，其不良后果包括长期腹泻、短肠综合征、吸收不良综合征和免疫系统低下等症状。
迄今为止，营养指导和食物的选择并不是治疗儿童营养不良的最佳方法。 2011 年，在营养不良高发的印度，科学家Gupta用宏基因组学的方法分析了营养不良儿童和健康儿童肠道微生物群落结构的差异。试验结果表明：营养不良儿童的粪便中含有大量引起肠吸收功能障碍的肠溶性病原体，最终导致对营养物质的吸收不良。
Gupta 通过鉴定少量的肠溶性病原体，发现其能够引起整个宿主肠道的代谢功能紊乱。本次研究首次系统阐述了营养不良儿童肠道微生物的群落结构，拓展了人们对儿童营养不良的理解。营养不良不仅与营养物质的缺失有关，而且还与肠道微生物的群落平衡息息相关。
婴儿时期， 是婴儿肠道菌群定植和建立的初始阶段，免疫系统发育不完善，除了上述常见的代谢类疾病外，还易患某些细菌类疾病，如流感、肺炎等。 针对这些细菌类疾病，在临床上，大多数采用注射或者口服抗生素类药物的方法， 然而众多研究表明，抗生素的使用会对婴儿肠道菌群的建立产生不可逆的破坏作用， 它会造成婴儿肠道菌群的比例严重失调以及敏感菌的数量再次增多的
不良后果， 甚至造成新型的抗性基因环境污染。
2010 年，美国斯坦福大学的 Dethlefsen研究团队应用 454 焦磷酸测序技术，分 5 个阶段，共耗时 10 个月，研究了抗生素环丙沙星对 3 名志愿者肠道菌群的影响。
在试验期间，3 名志愿者分两次，每次服用环丙沙星 1 周。研究人员在此期间采集了 52～56 份志愿者的粪便用于肠道菌群研究，结果表明，在服用抗生素的 3～4d以及停止服用后的 1 周内，志愿者肠道菌群多样性锐减，而后开始恢复，但很难恢复到服用环丙沙星前的水平。
研究人员特别指出，环丙沙星的摄入直接导致一些肠道细菌不可逆的丢失。由此可见，抗生素类药物是一把双刃剑，在治疗疾病的同时，也直接导致肠道菌群的失衡， 从而引起腹泻等常见副作用。
2010年，瑞典科学家 Jakobsson应用 454 焦磷酸测序和末端限制性片段长度多态性分析（Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism）技术 ，对感染幽门螺旋杆菌后接受克拉霉素和甲硝锉类药物治疗的志愿者的咽喉菌群及肠道菌群进行监测，结果表明，短期的抗生素摄入会导致咽喉菌群和肠道菌群多样性锐减，其中放线菌门多样性显著降低。当不再服用该抗生素后，志愿者咽喉菌群和肠道菌群基本可以恢复到服用前的结构，但是即使 4 年后， 一些大环内酯类抗性基因 [如 erm（B）]仍可被检测到，从而佐证了即使短期服用抗生素也会严重干扰人体正常菌群的结构。
上述研究均实施于成年人。 成年人肠道菌群多样性丰富且结构稳定，即便是这样，抗生素的摄入也会极大程度地破坏成年人肠道菌群的和谐稳定。由此可以推断抗生素对婴儿肠道菌群的干扰必将更加猛烈，造成更多不可逆的改变。鉴于此，在治疗婴幼儿细菌类疾病的过程中，可以尝试应用益生菌代替抗生素或者应用益生菌类食品帮助减轻抗生素类药物的副作用， 而这样的例子在成年人的治疗中早已屡见不鲜。
注：文章参考自《中国食品学报——婴儿肠道菌群研究现状——张和平 霍冬雪》
